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然而，近年来的基因研究带来了新的发现。科学家在现代人类DNA中检测到了少量尼安德特人基因片段，这一重要证据表明，智人在漫长的迁徙过程中，确实曾与某些地区的原始人类发生过基因交流。这一发现对完全取代说提出了有力挑战。 与此同时，中国考古学的重大发现正在改写人类起源的认知版图。1989年，在湖北省郧县出土的一具距今100万年的直立人头骨化石震惊了世界考古界。更令人惊叹的是，在郧县人遗址周边，考古学家陆续发现了多个时期的古人类化石，这些化石的年代序列完整连续，没有出现进化断层。这一系列发现强有力地证明：中国境内的古人类进化可能是一个持续百万年的连续过程，而非完全由外来移民取代。
